对于保本基金的亏损，有研究报告指出，由于保本基金的运作是通过在一个保本周期内，把大部分资产投资于无风险的持有到期债券组合，再把确定的债券利息收入按一定比例放大后投资于股票，在熊市中，股票市值的大幅下跌则会导致该部分资金亏损，从而导致保本基金的亏损。

　　虽然保本基金在弱市中出现亏损，但从现有的4只保本基金来看，都有公司对到期保本进行担保。其中，南方避险增值由中投信用担保有限公司进行担保，国泰金鹿保本由中国建银投资有限责任公司进行担保，银华保本增值和金元比联宝石动力分别由北京首都创业集团有限公司与首都机场集团公司提供担保。好买基金研究报告指出，这些担保公司实力雄厚，到期出现不能保本的概率很小。

　　值得注意的是，保本基金是否能够实现保本功能，还取决于购买和赎回的时点。现有4只保本基金中，仅金元比联宝石动力在申购期内申购也提供保本，其它3只基金只在认购期内认购才保本。因此，在认购期认购的投资者即使亏损，到期本金亏损的一般情况不会发生，但如果中途赎回，则可能发生本金亏损。但对于在申购期内申购的投资者，现有的亏损已成为实际的亏损，即使持有至到期也不一定保本。